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一次检索分析流程、软件与算法、数据库资源、使用教程和文献证据。搜索结果按相关度排序，筛选状态可以通过 URL 分享。
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GEO
NCBI 功能基因组数据仓库，收录 RNA-seq、芯片、甲基化、ChIP-seq 等项目。
下载 GEO 表达矩阵
快速获取论文已整理好的表达矩阵，用于差异分析、WGCNA 或验证候选基因。
从 GEO 追踪到 SRA 原始数据
当 GEO 只提供样本信息时，需要跳转 SRA 下载 FASTQ 重新分析。
ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia
Genome Research · 2012
Bulk RNA-seq 标准差异表达分析增强版
面向 bulk RNA-seq 项目的标准差异表达增强流程，覆盖实验设计、FASTQ 质控、STAR/Salmon 定量、DESeq2 统计建模、可视化、富集分析与结果交付。
可变剪接分析 rMATS/SUPPA2
面向 bulk RNA-seq 的可变剪接增强流程，覆盖实验设计、剪接事件类型、STAR 比对、rMATS 事件检测、SUPPA2 PSI/dPSI 分析、可视化和候选事件解释。
WGCNA 共表达网络分析
面向 bulk RNA-seq 表达矩阵的 WGCNA 共表达网络流程，覆盖表达矩阵预处理、软阈值选择、模块识别、模块-性状相关、hub gene 挖掘、富集分析与可视化解释。
时间序列 RNA-seq 分析
面向多时间点 bulk RNA-seq 的动态表达分析流程，覆盖实验设计、DESeq2 LRT、maSigPro/ImpulseDE2、表达模式聚类、时间趋势可视化和功能解释。
GSVA/ssGSEA 通路活性评分
将基因表达矩阵转换为样本级通路活性矩阵，支持 GSVA、ssGSEA、PROGENy、Hallmark gene sets 和组间通路比较。
免疫浸润分析 CIBERSORT/xCell/ESTIMATE
基于 bulk RNA-seq 表达矩阵估计免疫细胞浸润和肿瘤微环境状态，覆盖 CIBERSORT/xCell/MCP-counter/ESTIMATE 多方法比较和可视化解释。
RNA editing 分析：A-to-I editing
面向神经、肿瘤和免疫 RNA-seq 的 A-to-I RNA editing 分析流程，覆盖 DNA/RNA 区分、REDItools/GIREMI、位点过滤、SnpEff/ANNOVAR 注释和功能解释。
RNA-seq Salmon + tximport + DESeq2
基于 Salmon 转录本准比对定量、tximport 基因层汇总和 DESeq2 差异表达分析的快速 RNA-seq 流程。
RNA-seq STAR + featureCounts + DESeq2 + TPM
基于 STAR 基因组比对、featureCounts 基因计数、DESeq2 差异表达和 TPM/标准化计数整理的 RNA-seq 流程。
10x 单细胞基础降维聚类
面向 10x Genomics scRNA-seq 数据的综合分析流程，覆盖分析类型选择、Cell Ranger 预处理、Seurat v5/Scanpy 质控、整合、聚类、注释和下游解释。
BSA-seq 突变位点定位分析
面向 Bulked Segregant Analysis 的变异检测和候选区间定位流程，覆盖数据下载、质控、比对、GATK SNP calling、过滤、SNP-index 与 ED5 下游分析。
从 SRR 编号下载 FASTQ
复现论文测序数据，或把公开 reads 接入自己的 RNA-seq / WGS 流程。