转录组表达★★★★★
GEO
Gene Expression Omnibus
NCBI 功能基因组数据仓库，收录 RNA-seq、芯片、甲基化、ChIP-seq 等项目。
RNA-seqMicroarrayExpression Matrix
适合场景
- 找表达数据
- 下载表达矩阵
- 复现论文
使用示例
2 tutorials下载 GEO 表达矩阵
查看教程快速获取论文已整理好的表达矩阵，用于差异分析、WGCNA 或验证候选基因。
GSE + expression matrix + sample metadata
- 1. 用 GSE 编号进入 GEO Series 页面。
- 2. 查看 Supplementary files 是否包含表达矩阵或 count matrix。
- 3. 下载 matrix 后检查样本分组、探针注释和基因 ID 类型。
从 GEO 追踪到 SRA 原始数据
查看教程当 GEO 只提供样本信息时，需要跳转 SRA 下载 FASTQ 重新分析。
GSE accession -> SRA Run Selector -> SRR list
- 1. 在 GEO 样本页面查找 SRA Run Selector 链接。
- 2. 导出 RunInfo 表，获得 SRR 编号和样本对应关系。
- 3. 按样本分组整理 metadata，再进入 SRA/ENA 下载。