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Seurat v5

R 生态中主流的单细胞分析框架，覆盖质控、整合、降维、聚类和注释。

面向 10x Genomics Visium 空间转录组的分析流程，覆盖 Space Ranger、组织切片 QC、空间聚类、空间差异表达、细胞类型解卷积和空间通讯解释。

面向 scRNA-seq 的高级下游分析流程，覆盖拟时序轨迹、细胞通讯、RNA velocity、起点选择、结果交叉验证和生物学解释。

面向 10x Genomics scRNA-seq 数据的综合分析流程，覆盖分析类型选择、Cell Ranger 预处理、Seurat v5/Scanpy 质控、整合、聚类、注释和下游解释。

10x 官方示例数据集合，适合学习 Cell Ranger、Seurat、Scanpy 和 Visium 流程。

Nature Biotechnology · 2024

10x Genomics 官方预处理工具，用于 demultiplex、比对、定量和生成表达矩阵。

Python 生态的单细胞分析框架，适合大规模 AnnData 数据处理和可复现脚本化分析。

常用单细胞批次校正算法，在 PCA 空间中整合多样本并保留主要生物差异。