← 返回软件与算法资源类型 R 包 方法分类 单细胞分析 原始分类 Batch Correction 创建时间 2026/6/3
Software & Algorithm Detail
单细胞分析Batch CorrectionR 包
Harmony
常用单细胞批次校正算法，在 PCA 空间中整合多样本并保留主要生物差异。
Benchmark
性能基准测试
当前图表用于比较不同数据规模下的时间消耗和内存消耗。
性能基准测试
R 4.4 / Seurat object PCA
Documentation
软件原理、用法与参数
统一使用 Markdown 文档渲染，保留命令行代码块、参数表和示例说明。
Harmony
工具定位
Harmony 适合多个样本、批次或测序平台的 scRNA-seq 数据整合，常嵌入 Seurat/Scanpy 流程。
核心思想
在低维空间中迭代校正 batch effect，使不同批次中相似细胞状态靠近，同时保留聚类结构。
输入与输出
| 数据对象 | 说明 |
|---|---|
| PCA embedding | 上游分析输入 |
| batch metadata | 上游分析输入 |
| Harmony embedding | 下游解读结果 |
| 整合后的 UMAP | 下游解读结果 |
示例命令
library(harmony)
obj <- RunHarmony(obj, group.by.vars = 'batch')
obj <- RunUMAP(obj, reduction = 'harmony', dims = 1:30)
解读要点
- 校正变量必须是技术批次或需要去除的混杂因素。
- 不要用 Harmony 消除真正的疾病/处理组差异。
- 校正前后都要检查 marker gene 和样本混合情况。