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基于负二项分布的 RNA-seq 差异表达分析 R 包,适合有生物学重复的 bulk RNA-seq。
无需传统比对的转录本定量工具,常与 tximport 和 DESeq2 构成快速 RNA-seq 流程。
从 BAM 文件生成 gene count matrix 的经典工具,适合 STAR/HISAT2 后接差异分析。
适合复杂设计和小样本 RNA-seq 的差异表达 R 包,提供 TMM 标准化和 GLM 框架。