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Database Tutorial

ENA原始测序数据Database Tutorial

通过 ENA 获取 FASTQ 直链

批量下载公开测序数据时，ENA 通常能直接提供 fastq_ftp 字段。

数据库
ENA
资源类型
原始测序数据
地区
Europe
推荐等级
5/5

Quick Steps

教程步骤速览

先快速看完整操作路径，再进入下方详细教程。

  1. STEP 1

    进入 ENA Browser，输入 SRR/ERR/DRR 或 BioProject 编号。

  2. STEP 2

    在 Run 信息中查看 FASTQ FTP 链接。

  3. STEP 3

    使用 wget、aria2c 或脚本批量下载 fastq_ftp 文件。

Example Query

示例查询

复制这个关键词或编号，可以快速进入数据库检索练习。

fields=run_accession,fastq_ftp,fastq_md5

Tutorial

数据库使用教程

按教程完成检索、筛选、下载和结果确认。

通过 ENA 获取 FASTQ 直链

适用场景

当你已经知道 SRR/ERR/DRR 编号，想用 wget 或 aria2c 直接下载 FASTQ 时，ENA 的 fastq_ftp 字段很方便。

查询单个 Run

wget -O ena_run.tsv "https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRRxxxxxxx&result=read_run&fields=run_accession,fastq_ftp,fastq_md5&format=tsv"
cat ena_run.tsv

批量下载 FASTQ

cut -f2 ena_run.tsv | tail -n +2 | tr ';' '\n' | while read url
do
  wget -c "ftp://$url"
done

推荐字段

字段说明
run_accessionSRR/ERR/DRR 编号
sample_accession样本编号
fastq_ftpFASTQ FTP 下载链接
fastq_md5文件校验值
library_layoutSINGLE 或 PAIRED

常见问题

  • fastq_ftp 为空：部分数据未开放 FASTQ 直链，可退回 SRA Toolkit。
  • 一个 run 有两个链接：通常表示双端测序 R1/R2。
  • 下载后建议用 md5 校验文件完整性。