← 返回软件与算法资源类型 命令行软件 方法分类 表观组学分析 原始分类 Peak Calling 创建时间 2026/6/3
Software & Algorithm Detail
表观组学分析Peak Calling命令行软件
MACS2
ChIP-seq/CUT&Tag/CUT&RUN 常用 peak calling 工具，用于定位蛋白-DNA 结合或组蛋白修饰区域。
Benchmark
性能基准测试
当前图表用于比较不同数据规模下的时间消耗和内存消耗。
性能基准测试
MACS2 / BAMPE / human genome size
Documentation
软件原理、用法与参数
统一使用 Markdown 文档渲染，保留命令行代码块、参数表和示例说明。
MACS2
工具定位
MACS2 常用于从免疫沉淀类测序数据中识别 enriched regions，是表观组学流程中的关键节点。
核心思想
通过动态背景模型估计 reads 富集显著性，并输出 narrowPeak 或 broadPeak。
输入与输出
| 数据对象 | 说明 |
|---|---|
| 去重 BAM | 上游分析输入 |
| input/control BAM | 上游分析输入 |
| narrowPeak/broadPeak | 下游解读结果 |
| summits | 下游解读结果 |
| peak annotation 输入 | 下游解读结果 |
示例命令
macs2 callpeak -t sample.bam -c input.bam -f BAMPE -g hs -n sample_H3K27ac --outdir peaks -q 0.01
解读要点
- 转录因子通常使用 narrow peak，组蛋白修饰可能需要 broad peak 模式。
- CUT&Tag 数据是否提供 input/control 要结合实验方案判断。
- peak 数量异常通常提示抗体、测序深度或去重策略问题。